עמלת פירעון מוקדם חלה על לווה אשר רוצה לבצע פרעון מוקדם של משכנתא או סילוק חלקי של המשכנתא. על פי צו הבנקאות עמלת פירעון מוקדם התשס"ב 2002, כל אדם אשר פורע את המשכנתא לפני מועד סיום ההלוואה, מחוייב לשלם בעבור הפרש הריביות ממועד לקיחת המשכנתא עד למועד הפרעון. ההפרשים מחושבים על פי תקופת המשכנתא הנותרה לסילוק, הריבית שנלקחה, התשלום החודשי ועל פי הריבית המופרסמת על ידי בנק ישראל לפרעון מוקדם. בעמלה זו ישנה הנחה על פי תקופות לסילוק ההלוואה, בין אם היא נלקחה בתור הלוואה משלימה או בין אם היא נלקחה ללא זכאות מטעם משרד הבינוי והשיכון. בנוסף לעמלת הפרעון המוקדם, נוספה גם עמלה בגין הפרשי הצמדה על הפרשי ההצמדה עד לסילוק של ההלוואה