עמלת פירעון מוקדם נועדה להגן על הבנקים למשכנתאות במקרה אשר לווה לקח משכנתא בריביות גבוהות והוא בא לסלק את המשכנתא כאשר הריביות נמוכות יותר. במקרה כזה, יש מנגנון של בנק ישראל אשר בא להגן על הבנק ונקרא "עמלת פירעון מוקדם". את עמלת הפירעון המוקדם, מחשבים על פי גובה ההלוואה, החזר חודשי, גובה הריבית בעת לקיחת המשכנתא, גובה הריבית להיוון על פי פירסום של בנק ישראל ותקופת ההלוואה. את עמלת הפירעון המוקדם משלמים במלואה כאשר פורעים את כל המשכנתא ובמידה ופורעים רק חלק מהמשכנתא, העמלה היא בגין החלק היחסי לפירעון. עמלת הפירעון המוקדם היא על פי צו הבנקאות התשס"ב